Übersetzt heißt Jökulsárlón einfach Gletscherflusslagune. Die Lagune ist erst gegen Ende des 19. Jahrhunderts entstanden. Zuvor reichte die Gletscherzunge Breiðamerkurjökull, die größte des Vatnajökull, bis zum Meer. Mit dem Rückzug des Breiðamerkurjökull entstand der Jökulsárlón, der auch heute noch ständig wächst. Noch in der Mitte der 70er-Jahre war er nur 8 Quadratkilometer groß, mittlerweile ist er auf über 20 Quadratkilometer angewachsen. Der Jökulsárlón ist an seiner tiefsten Stelle über 240 Meter tief. Damit ist er Islands tiefster See.
Bekannt ist der Jökulsárlón für die auf ihm treibenden Eisberge. Diese erreichen Höhen von bis zu 15 Metern. Große Eisflächen lösten sich zunächst von der Gletscherzunge des Breiðamerkurjökull ab. Das Eis des Gletschers besteht auf komprimiertem Schnee, 12 Meter Schnee wurden dabei zu einem Zentimeter Eis zusammengepresst.
Mit der Zeit schmelzen die Eisberge langsam ab, brechen auseinander, werden so immer kleiner. Letztlich werden sie durch den kurzen Fluss Jökulsá á Breiðamerkursandi in den nahen Atlantik getrieben und hauchen dort ihr Leben aus.
Das Gebiet um die Lagune war bis 2017 im Privatbesitz. Dann erwarb es der isländische Staat, stellte es unter Naturschutz nahm es in den Vatnajökull-Nationalpark auf.